感谢您发送咨询！我们的团队成员将很快与您联系。
感谢您发送预订！我们的团队成员将很快与您联系。
课程大纲
微生物基因组学导论
- 微生物基因组学和宏基因组学概述
- 测序技术和典型研究设计
- 关键文件格式和数据组织
质量控制与预处理
- 读取质量评估与修剪
- 宿主去除与污染筛查
- 读取标准化与下游考虑
分类学分析方法
- 基于标记的分析与MetaPhlAn
- K-mer与分类方法，使用Kraken2和Bracken
- 分析输出比较与可视化
宏基因组组装与分箱（概述）
- 组装策略与SPAdes使用
- 重叠群分箱概念与常用工具（简要）
- 评估组装质量与完整性
基因组注释与MLST
- 使用Prokka进行基因组注释
- 执行MLST并解释序列类型
- 生成报告以分享结果
SNP检测与系统发育学
- 基于映射的SNP检测工作流，使用Snippy
- 使用IQ-TREE构建系统发育树
- 使用iTOL进行树的可视化与解释
抗微生物耐药性与功能分析
- 使用AMRFinderPlus、CARD和ResFinder检测AMR基因
- 功能分析与通路总结
- 报告耐药性与功能注释
可重复的工作流与最佳实践
- 使用Conda、Docker和管道模板实现可重复性
- 数据管理、元数据标准与FAIR原则
- 使用云资源与Notebook扩展分析
案例研究与实操实验
- 从原始读取到分类表的16S/18S扩增子分析
- 宏基因组分析与样本间比较分析
- 基因组组装、注释、SNP系统发育与AMR报告
总结与下一步
要求
- 熟悉基本的生物学概念，如DNA和基因
- 建议具备使用命令行界面的经验
- 基本了解测序概念及文件格式（FASTQ、FASTA）
受众
- 微生物学家
- 学术研究人员
- 对微生物基因组学感兴趣的研究人员及行业科学家
21 小时
