课程大纲

一、引言和预备

1. 概述

    使 R 更友好、R 和可用的 GUI Rstudio(雷工作室) 相关软件和文档 R 和统计 以交互方式使用 R 介绍性会议 获取有关功能和特性的帮助 R 命令、区分大小写等。 调用和更正以前的命令 从文件执行命令或将输出转移到文件 数据持久性和删除对象 Good 编程实践: 自包含脚本,良好的   可读性,例如结构化脚本、文档、Markdown 安装软件包;CRAN和生物导体

2. 读取数据

    Txt 文件  (read.delim) CSV 文件

3.操作简单;数字和向量  + 数组

    向量和赋值 矢量算术 生成规则序列 逻辑向量 缺失值 字符向量 索引向量;选择和修改数据集的子集 阵 列
数组索引。数组的子部分
  • 索引矩阵
  • array() 函数 + 对数组的简单操作,例如乘法、换位  
  • 其他类型的对象
  • 4. 列表和数据框
  • 列表 构造和修改列表 连接列表

      数据框 创建数据框
    使用数据框
  • 附加任意列表
  • 管理搜索路径
  • 5. 数据操作
  • 选择观测值和变量,对观测值和变量         进行子集化 筛选、分组 重新编码、转换 聚合,组合数据集 形成分区矩阵 cbind() 和 rbind() 带有数组的串联函数 () 字符操作,串线包 grep 和 regexpr 的简短介绍
  • 6. 有关读取数据                                            的更多信息

      XLS、XLSX 文件 readr  和 readxl 包 SPSS、SAS、Stata,...等格式数据 将数据导出为 txt、csv 和其他格式

    6. 分组、循环和条件执行

      分组表达式 控制语句 条件执行:if 语句 重复执行:for 循环、repeat 和 while Apply、Lapply、Sapply、Tapply 简介

    7. 功能

      创建函数 可选参数和默认值 可变数量的参数 范围及其后果

    8. R 中的简单图形

      创建图表 密度图 点图 条形图 折线图 饼图 箱线图 散点图 组合图

    二、R 语言中的统计分析

      1.    概率分布

    R 作为一组统计表 检查一组数据的分布

    2.   假设检验

      关于总体均值的检验 似然比检验 单样本和双样本测试 卡方 Go拟合度检验 Kolmogorov-Smirnov 单样本统计量  Wilcoxon 符号排名测试 双样本测试 Wilcoxon 秩和检验 Mann-Whitney 检验 Kolmogorov-Smirnov 测试

    3. 假设的多重检验

      I 类错误和 FDR ROC 曲线和 AUC 多种测试程序(BH、Bonferroni 等)

    4. 线性回归模型

      用于提取模型信息的泛型函数 更新拟合模型 广义线性模型 家族 glm() 函数

    分类 逻辑回归

      线性判别分析
    无监督学习 主成分分析
  • 聚类方法(k-means、分层聚类、k-medoids)
  • 5. 生存分析 (生存套餐)
  • r 中的生存对象 Kaplan-Meier 估计、对数秩检验、参数回归 置信区间 删失(间隔删失)数据分析 Cox PH 模型,常数协变量 Cox PH 模型,瞬态协变量 模拟:模型比较(比较回归模型)
  •  6.   方差分析
  • 单因素方差分析 方差分析的双向分类 多元方差分析
  • 三、生物信息学           中存在的问题

      limma包简介 微阵列数据分析工作流程 从GEO下载数据:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397 数据处理(QC、归一化、差异表达) 火山地块              Custering 示例 + 热图
      28 小时
     

    人数


    开始

    完结


    Dates are subject to availability and take place between 09:30 and 16:30.
    Open Training Courses require 5+ participants.

    客户评论 (9)

    相关课程

    课程分类