课程大纲
一、引言和预备
1. 概述
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使 R 更友好、R 和可用的 GUI
Rstudio(雷工作室)
相关软件和文档
R 和统计
以交互方式使用 R
介绍性会议
获取有关功能和特性的帮助
R 命令、区分大小写等。
调用和更正以前的命令
从文件执行命令或将输出转移到文件
数据持久性和删除对象
Good 编程实践: 自包含脚本,良好的 可读性,例如结构化脚本、文档、Markdown
安装软件包;CRAN和生物导体
2. 读取数据
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Txt 文件 (read.delim)
CSV 文件
3.操作简单;数字和向量 + 数组
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向量和赋值
矢量算术
生成规则序列
逻辑向量
缺失值
字符向量
索引向量;选择和修改数据集的子集
阵 列
列表 构造和修改列表 连接列表
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数据框
创建数据框
6. 有关读取数据 的更多信息
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XLS、XLSX 文件
readr 和 readxl 包
SPSS、SAS、Stata,...等格式数据
将数据导出为 txt、csv 和其他格式
6. 分组、循环和条件执行
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分组表达式
控制语句
条件执行:if 语句
重复执行:for 循环、repeat 和 while
Apply、Lapply、Sapply、Tapply 简介
7. 功能
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创建函数
可选参数和默认值
可变数量的参数
范围及其后果
8. R 中的简单图形
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创建图表
密度图
点图
条形图
折线图
饼图
箱线图
散点图
组合图
二、R 语言中的统计分析
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1. 概率分布
R 作为一组统计表 检查一组数据的分布
2. 假设检验
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关于总体均值的检验
似然比检验
单样本和双样本测试
卡方 Go拟合度检验
Kolmogorov-Smirnov 单样本统计量
Wilcoxon 符号排名测试
双样本测试
Wilcoxon 秩和检验
Mann-Whitney 检验
Kolmogorov-Smirnov 测试
3. 假设的多重检验
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I 类错误和 FDR
ROC 曲线和 AUC
多种测试程序(BH、Bonferroni 等)
4. 线性回归模型
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用于提取模型信息的泛型函数
更新拟合模型
广义线性模型
家族
glm() 函数
分类 逻辑回归
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线性判别分析
三、生物信息学 中存在的问题
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limma包简介
微阵列数据分析工作流程
从GEO下载数据:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
数据处理(QC、归一化、差异表达)
火山地块
Custering 示例 + 热图
客户评论 (9)
The pace was just right and the relaxed atmosphere made candidates feel at ease to ask questions.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
课程 - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
内容,因为我觉得它非常有趣,并认为它会对我在大学的最后一年有所帮助。
Krishan - NBrown Group
课程 - From Data to Decision with Big Data and Predictive Analytics
机器翻译
very tailored to needs
Yashan Wang
课程 - Data Mining with R
The trainer was so knowledgeable and included areas I was interested in
Mohamed Salama
课程 - Data Mining & Machine Learning with R
Good real world examples, reviews of existing reports
Ronald Parrish
课程 - Data Visualization
Intensity, Training materials and expertise, Clarity, Excellent communication with Alessandra
Marija Hornis Dmitrovic - Marija Hornis
课程 - Data Science for Big Data Analytics
I learned a lot - not only in theoretical knowledge but I also applied that knowledge during the training and therefore I really understood what process mining is and how it works. Thanks a lot!
Julia Dörre - Techniker Krankenkasse
课程 - Process Mining
how the trainor shows his knowledge in the subject he's teachign
john ernesto ii fernandez - Philippine AXA Life Insurance Corporation
课程 - Data Vault: Building a Scalable Data Warehouse
我现在对编码更有信心了。我以前从未做过,但现在我明白这不是火箭科学,我可以在必要时这样做。
Anna - Birmingham City University
课程 - Foundation R
机器翻译